Slovenská rektorská konferencia považuje za kľúčové problémy dlhodobé podfinan-covanie vysokoškolského vzdelávania, vysokých škôl, výskumu, vývoja a umenia a z toho vyplývajúci neuspokojivý stav vysokoškolskej infraštruktúry. To má zase vplyv, ako jeden z faktorov, na početný odchod mladých ľudí za štúdiom do zahraničia. Financovanie vysokého školstva je pod priemerom krajín EÚ a OECD, čo má dopad aj na kvalitu vzdelávania založeného na najnovších poznatkoch vedy a techniky. SRK preto nepovažuje problémy, ktoré predkladá ministerstvo školstva pri ostatných návrhoch novelizácie vysokoškolského zákona za najdôležitejšie. Zhodli sa na tom rektorky a rektori počas svojho jubilejného 100. zasadnutia.
Voľba rektorov alebo spôsob kreovania správnych rád nie sú podľa SRK kľúčovými problémami. Súčasné samosprávne riadenie verejných vysokých škôl je v súlade s európskymi tradíciami a dobrou praxou. SRK je presvedčená, že snaha ministerstva má za cieľ posilniť vplyv politikov a podnikateľov na riadenie verejných vysokých škôl a teda oslabiť kompetencie akademických senátov a v ich rámci aj samotných študentov a zamestnancov vysokých škôl, ktorí sa dnes podieľajú na riadení VŠ, vrátane voľby akademických funkcionárov.
Prezident SRK Rudolf Kropil konkretizuje stanovisko SRK: „Vyzývame ministerstvo školstva, aby pripravilo návrh konkrétnych systémových zmien, a to nielen legislatívnych, ale aj ekonomických, ktoré by riešili tieto kľúčové problémy.“ Zásadné pre SRK sú princípy akademickej samosprávy, akademických práv a slobôd a z toho plynúci princíp legislatívnej deregulácie vnútorných mechanizmov vysokých škôl. Rudolf Kropil dodáva: „Rektorky a rektori sa zhodli, že zmeny by mali podporovať transparentnosť, objektívnosť, udržateľnosť a otvorenosť vysokoškolského sektora. Našim spoločným cieľom má byť posilňovanie dôvery a transparentnosti, budovanie kultúry kvality a zvýšenie konkurencieschopnosti vysokoškolského prostredia.“
Podrobnejšie sú podnety SRK rozpracované v prioritách „Moderné vysoké školy, silný manažment, univerzitná identita“, ktoré boli revidované a zverejnené spoločne so stanoviskom SRK.
Na ostatnom zasadnutí SRK, ktoré sa konalo 11. mája 2021, rektorky a rektori diskutovali o prechode ku konceptu „zelených univerzít“. SRK podporila účasť vysokých škôl na podujatí „Race to Zero in Slovakia: Universities“ organizovanom veľvyslancom Veľkej Británie na Slovensku. SRK však upozorňuje, že vysoké školy sa budú môcť zapojiť do zeleného prechodu len v prípade získania dodatočných prostriedkov od financujúcich autorít. Štát má podľa SRK nástroje ako môže podporiť „zelené univerzity“ a mal by ich využívať. Slabinou SR pri riadení vysokého školstva sú dlhodobo veľké očakávania za málo peňazí.